Управление Школой осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Высшим органом управления Школой является ее Учредитель – Местная религиозная организация православного Прихода храма в честь великомученицы Екатерины города Судогды Владимирской области Владимирской Епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат).
Отношения между Учредителем и Школой определяются также договором, заключенным между ними в соответствии с действующим законодательством.
Единоличным исполнительным органом Школы является директор (Морохин Юрий Николаевич). Директор осуществляет текущее руководство деятельностью Школы, подотчетен Учредителю. Директор назначается решением Учредителя на неопределенный срок.
В Школе формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся Совет школы и педагогический совет.
В Школе могут быть созданы попечительский совет и